Sebaran Fakultas PTKIS pada Kopertais Wil. 03 (DI Yogyakarta)

1. 
Fakultas Adab, FAI Univ. Ahmad Dahlan (UAD), Yogyakarta
2. 
Fakultas Tarbiyah, FAI Univ. Ahmad Dahlan (UAD), Yogyakarta
3. 
Fakultas Ushuluddin, FAI Univ. Ahmad Dahlan (UAD), Yogyakarta
4. 
Fakultas Syari`ah, FAI Univ. Cokroaminoto Yogyakarta (UCY)
5. 
Fakultas Pascasarjana, FAI Univ. Islam Indonesia (UII) Yogyakarta
6. 
Fakultas Syari`ah, FAI Univ. Islam Indonesia (UII) Yogyakarta
7. 
Fakultas Tarbiyah, FAI Univ. Islam Indonesia (UII) Yogyakarta
8. 
Fakultas Dakwah, FAI Univ. Muhammadiyah Yogyakarta
9. 
Fakultas Syari`ah, FAI Univ. Muhammadiyah Yogyakarta
10. 
Fakultas Tarbiyah, FAI Univ. Muhammadiyah Yogyakarta
11. 
Fakultas Pascasarjana, FAI Univ. Muhammadiyah Yogyakarta
12. 
Fakultas Syari`ah, Sekolah Tinggi Ekonomi Islam (STEI Yogyakarta)
13. 
Fakultas Syari`ah, Sekolah Tinggi Ekonomi Islam (STEI) Hamfara Yogyakarta
14. 
Fakultas Tarbiyah, Sekolah Tinggi Ilmu Al-Qur`an (STIQ) An-Nur Yogyakarta
15. 
Fakultas Ushuluddin, Sekolah Tinggi Ilmu Al-Qur`an (STIQ) An-Nur Yogyakarta
16. 
Fakultas Tarbiyah, Sekolah Tinggi Pendidikan Islam (STPI) Bina Insan Mulia Yogyakarta
17. 
Fakultas Dakwah, STAI Al-Muhsin Krapyak Yogyakarta
18. 
Fakultas Syari`ah, STAI Al-Muhsin Krapyak Yogyakarta
19. 
Fakultas Tarbiyah, STAI Alma Ata Yogyakarta
20. 
Fakultas Syari`ah, STAI Alma Ata Yogyakarta
21. 
Fakultas Dakwah, STAI Masjid Syuhada (STAIMS) Yogyakarta
22. 
Fakultas Tarbiyah, STAI Masjid Syuhada (STAIMS) Yogyakarta
23. 
Fakultas Ushuluddin, STAI Sunan Pandanaran Yogyakarta
24. 
Fakultas Tarbiyah, STAI Terpadu Yogyakarta
25. 
Fakultas Tarbiyah, STAI Yogyakarta (STAIYO) Wonosari, Gunung Kidul
26. 
Fakultas Syari`ah, STAI Yogyakarta (STAIYO) Wonosari, Gunung Kidul
27. 
Fakultas Tarbiyah, STIT Muhammadiyah Wates, Kulonprogo