Fakultas Pscasarjana pada Kopertais Wil. 04 (Jawa Timur, Bali, NTB, NTT)

No. Nama PTKIS Fakultas/
Jurusan
1. 
FAI Univ. Islam Darul Ulum Lamongan
Pascasarjana
2. 
FAI Univ. Islam Lamongan (UNISLA) Jawa Timur
Pascasarjana
3. 
FAI Univ. Islam Malang (UNISMA)
Pascasarjana
4. 
FAI Univ. Muhammadiyah Malang (UMM)
Pascasarjana
5. 
FAI Univ. Muhammadiyah Sidoarjo
Pascasarjana
6. 
FAI Univ. Pesantren Tinggi Darul `Ulum (UNIPDU) Jombang
Pascasarjana
7. 
FAI Univ. Sunan Giri Surabaya (UNSURI)
Pascasarjana
8. 
Institut Agama Islam Ibrahimy (IAII) Sukorejo Situbondo
Pascasarjana
9. 
Institut Agama Islam Nurul Jadid Paiton Probolinggo (IAINJ)
Pascasarjana
10. 
Institut Agama Islam Sunan Giri (INSURI) Ponorogo
Pascasarjana
11. 
Institut Agama Islam Tribakti (IAIT) Kediri
Pascasarjana
12. 
Universitas Islam Hasyim As`ari Tebuireng Jombang
Pascasarjana
13. 
Institut Studi Islam Darussalam (ISID) Gontor Ponorogo
Pascasarjana
14. 
Institut Studi Islam Darussalam (ISID) Gontor Ponorogo
Pascasarjana
15. 
STAI Blambangan Banyuwangi
Pascasarjana
16. 
STAI Diponegoro Tulungagung
Pascasarjana
17. 
Institut Agama Islam Qomaruddin Gresik
Pascasarjana
18. 
STAI YPBWI Surabaya
Pascasarjana
19. 
Institut Ilmu KeIslaman An-Nuqayah (INSTIKA) Gulukguluk Sumenep
Pascasarjana